工程技术学部
物理科学与技术学院（工学部分）
系：- 物理学系
- 天文学系
- 威尼斯人APP国家集成电路产教融合创新平台
- 微纳光电子材料与器件教育部工程研究中心
- 柔性物质研究及应用创新引智基地
- 福建省半导体光电材料及其高效转换器件协同创新中心
- 福建省半导体材料及应用重点实验室
- 福建省柔性功能材料重点实验室
- 福建省低维凝聚态物理高校重点实验室
- 福建省天体物理与天文仪器高校重点实验室
- 厦门市光电信息材料与器件工程技术研究中心
- 厦门市柔性功能材料与器件工程技术研究中心
- 威尼斯人APP理论物理与天体物理研究所
- 威尼斯人APP半导体光子学研究中心
- 威尼斯人APP生物仿生及软物质研究院
- 威尼斯人APP九江研究院
化学化工学院（工学部分）
系：- 化学系
- 化学工程与生物工程系
- 化学生物学系
- 固体表面物理化学国家重点实验室
- 醇醚酯化工清洁生产国家工程实验室（威尼斯人APP）
- 新能源汽车动力电源技术国家地方联合工程实验室(威尼斯人APP)
- 纳米材料制备技术国家地方联合工程研究中心
- 能源材料化学协同创新中心（威尼斯人APP、复旦大学、中国科学技术大学、中国科学院大连化学研究所）
- 谱学分析与仪器教育部重点实验室
- 电化学技术教育部工程研究中心
- 教育部物理化学研究所
- 国家级化学实验教学示范中心
- 福建省化学生物学重点实验室
- 福建省理论与计算化学重点实验室
- 福建省电化学工程技术研究中心
- 福建省纳米制备技术工程研究中心
- 福建省新能源汽车动力电池及储能关键材料工程实验室
- 福建省高校化石能源化学与化工重点实验室
- 福建省高校无机化学与功能材料重点实验室
- 福建省电镀及表面处理行业技术开发基地
- 福建省电镀及表面处理行业技术开发基地
- 厦门市分子纳米技术与分析科学重点实验室
- 厦门市合成生物技术重点实验室
- 理论化学研究中心
- 纳米科技中心
- 化学电源研究中心
信息学院（特色化示范性软件学院）
系：- 人工智能系
- 计算机科学系
- 软件工程系
- 信息与通信工程系
- 网络空间安全系
- 水声通信与海洋信息技术教育部重点实验室
- 电子信息国家级实验教学示范中心
- 海西工业技术研究院通信工程技术中心
- 福建省无线通信接入工程中心
- 智能信息技术福建省高校重点实验室
- 福建省电子与通信工程实验教学中心
- 福建省智慧城市感知与计算重点实验室
- 福建省海西卫星导航定位技术协同创新中心
- 数字福建物联通信和体系架构安全技术重点实验室
- 数字福建健康医疗大数据研究所
- 数字福建城市交通大数据研究所
材料学院
系：- 材料科学与工程系
- 生物材料系
建筑与土木工程学院
系：- 建筑系
- 土木工程系
- 城市规划系
- 建筑与土木工程学院教学实验中心
能源学院
系：- 新能源学系
- 储能学系
- 能源研究院
- 新能源装备研究院
- 福建省新能源产业技术开发基地
- 福建省核能工程技术研究中心
- 福建省生物质清洁高值化技术工程研究中心
- 厦门市生物质清洁高值化利用重点实验室
萨本栋微米纳米科学技术研究院
校批机构：- 微机电中心
- 光子学中心
醇醚酯化工清洁生产国家工程实验室
威尼斯人APP生物仿生及软物质研究院
航空航天学院
系：- 飞行器系
- 动力工程系
- 机电工程系
- 仪器与电气系
- 自动化系
- 工程技术中心
- 航空航天教育培训中心
石墨烯工程与产业研究院
电子科学与技术学院（国家示范性微电子学院）
系（研究院）：- 电子工程系
- 电子科学系
- 微电子与集成电路系
- 电磁声学研究院
- 威尼斯人APP国家集成电路产教融合创新平台
- 电子信息国家级实验教学示范中心
- 微纳光电子材料与器件教育部工程研究中心
- 福建省半导体照明工程技术研究中心
- 福建省集成电路设计工程技术研究中心
- 福建省电子设计自动化工程研究中心
- 福建省等离子体与磁共振研究重点实验室
- 福建省LED照明与显示行业技术开发基地
- 福建省光电照明与显示企业服务型制造公共服务平台
- 集成电路设计与测试分析福建省高校重点实验室
- 电磁波科学与探测技术福建省高校重点实验室
- 厦门市面向集成电路的多物理计算重点实验室